R pro biology (3)

Krabicový diagram

(1.,2.,3.,4. kvartil = 25,50 (medián),75,100% kvantil)

boxplot(vekOtce)
quantile(vekOtce, probs(0:4)/4)

Míry variability (odchylka ,směrodatná odchylka, rozptyl)

c(var(vekOtce),sd(vekOtce),sd(vekOtce)^2)

Kvartilové rozpětí (délka strany krabicového diagramu)

quantile(vekOtce,3/4)-quantile(vekOtce,1/4)

Závislost dvou znaků

plot(vekOtce∼vekMatky,data=deti)

nebo (jsou-li data zpřístupněna - attach())

plot(vekOtce~vekMatky)

Proložení křivkou y = x (tečkovaně 1ty=3)

abline(0,1,lty=3)

Idetifikace bodů (pořadí v databázi)

identify(vekMatky,vekOtce)

Korelační koeficient (hodnota k 1 je těsná lineární závislost)

cor(vekOtce,vekMatky)

Vztah mezi výskytem nemoci horních cest dýchacích a pohlavím

deti=transform(deti,pohlavi=factor(pohlavi,levels=0:1, labels=c("Zena","Muz")))
plot(hcd~pohlavi)

Relativní četnosti výskytu nemoci HCD

t=table(pohlavi,hcd)
t

Relativní četnosti celkem, pro řádek, pro sloupec

prop.table(t)
prop.table(t,1)
prop.table(t,2)


Vztah mezi váhou a pohlavím

plot(vaha~pohlavi)
tapply(vaha,pohlavi,mean)
tapply(vaha,pohlavi,summary)

tapply počítá hodnoty pro jednotlivé skupiny

Vytvoření tabulky

cbind(n=tapply(vaha,hcd,length), medián=tapply(vaha,hcd,median), průměr=tapply(vaha,hcd,mean),směr=tapply(vaha,hcd,sd))

Vytvoření funkce

tabulka = function(vaha){cbind(n=tapply(vaha,hcd,length), medián=tapply(vaha,hcd,median),průměr=tapply(vaha,hcd,mean),směr=tapply(vaha,hcd,sd))}

tabulka(vaha) 
tabulka(delka)